江蘇高淳経済開発区の前身は江蘇省高淳外向型農業総合開発区であったが、1995年10月に江蘇省人民政府の承認（蘇政府「1995」95号文書）を受けた上、設立された。1995年11月、江蘇省高淳外向型農業総合開発区管委会（管委会の下の事務所）、江蘇省高淳外向型農業資源総合開発総公司を成立し、2社は一つ管理チームにより管理の方法を採用し、開発準備業務を行った。1996年3月28日に県委員会、県政府は県招待所で江蘇省高淳外向型農業総合開発区の貿易相談会を開催しました。1998年7月、県委員会、県政府は高淳外向型農業綜合開発区管委会と淳溪鎮人民政府を区政合一することになったので、一つ管理チームで管理します。省クラス開発区の札を実行し、機能を固定し、既存の構想は三つの無変更になりました。1999年11月28日、高淳外向型農業綜合開発区管委会は淳溪鎮人民政府と別れて、高淳県対外経済貿易委員会と合弁し、二つ札で一つ管理チームの管理方法で管理しました。
　　2001年4月に、開発区管理委員会と県対外経済貿易委員会と分離し、単独に成立しました。または、工業園区の建設をスタートしました。2002年、県政府は更に管理委員会機構及びその職能を明確し、開発総公司と「二つの役所合併して、看板二つ掛け、同じ事務人間で、事務をし、政企合一」を実行しました。人間、財務、物を集中して統一管理をし、県政府の派遣機構に属しました。4月に、県政府事務所が『高淳県外向け型農業総合開発区管理委員会の職能を配置、内部設置した機構と人間の編制規定』（高政事務発＜2002＞45号）を印刷し出版しました。開発区委員会に四つの職能部室を設置し、それぞれ、事務室、商業導入サービス部、企画建設部、財務部でした。2005年12月に、県機構編制委員会許可返答（高編字＜2005＞第25号）が、高淳県外向け型農業総合開発区管理委員会事務室を県政府の派遣した機構にし、編制は正課級で、原の開発管理委員会を指導機構に調整しました。開発区管理委員会事務室機構内に四つの職能局を設置しました。行政事務局、商業導入局、経済発展局、建設環境保護局であり、すべて、股級の機構であります。開発区管理委員会に属した事業部門の県工業開発公司を開発区管理委員会事務室に属した事業部門にしました。または、高淳県開発区商業導入サービス中心という名前を付けました。同時に、県機構編制委員会許可返答（高編字＜2005＞第26号）が、高淳県財務局開発区財務支局の設置することを同意し、それを県財政局の派遣機構にしました。2006年5月に、江蘇省高淳外向け型農業総合開発区が、国家発展改革委員会の第六陣省級開発区審査確認公告（国家発展改革委＜2006＞第37号公告）を通して、正式に、江蘇高淳経済開発区と名前を変更しました。現代化管理要求によって、内部の機構設置を調整しました。調整後の管理委員会が下に四つの局と一つの支局を設置しました。即ち、行政事務局、商業導入局、経済発展局、建設環境保護局、財政支局であります。10月に、開発区が南京地区の唯一の選ばれた開発区として、一回目の「揚子江三角最も投資価値所有開発区」の評価に“最も投資潜在力所有”という奨を獲得しました。